La morphine possède de nombreux effets secondaires. Tout d'abord, les effets peuvent être moindres comme une somnolence, des nausées, des vomissements, la constipation ou encore une sécheresse de la bouche pour l'utilisation de la morphine à faible dose. En général, ces effets disparaissent après quelques jours. D'autres sont plus rares et parfois plus dangereux tels que des troubles psychiques, des troubles du sommeil, des difficultés respiratoires, des difficultés à uriner, une hypertension intracrânienne ou de la moelle épinière. Si l'un de ses symptôme apparaît, il est fortement conseillé de prendre rendez-vous avec son médecin.

L'injection de morphine à forte dose peut entraîner le coma voir même la mort.